La cueva del Comanche es un ejemplo de cómo el agua puede socavar o excavar a las rocas. Según el SGM, el material que compone a la cueva es un conglomerado del Mioceno (23.8 – 5.3 Ma), es decir, es una roca sedimentaria formada por restos de rocas más antiguas, unidas o cementadas por materiales más finos y posiblemente más débiles, que con el contacto del agua fue intemperizada, debilitada y posteriormente erosionada por las aguas del río San Pedro.
Estos conglomerados se formaron en las orillas de los valles, después del levantamiento de las montañas y su posterior erosión debido a tormentas, deslaves o caídas de material. Estos materiales se depositaron y se hicieron roca, posteriormente el río empezó a erosionar y a excavar en la zona.
¿Cómo ocurre esto? Los cambios en la pendiente de un valle ocasionan que los ríos transformen su trayectoria, y propician la formación de curvas, llamadas meandros. Los meandros tienen dos extremos: uno externo en donde ocurre la erosión y uno interno en donde se puede depositar el material transportado por la corriente. Es muy posible que la erosión del material haya afectado al material sedimentario más antiguo, localizado en la base, el cual estaba pobremente cementado, razón por la cual se empezó a socavar este material, respetando al material más joven y, aparentemente mejor cementado (techo), hasta llegar al estado en el cual la tenemos hoy.
